革命委员会在山东的突然发难，除了给正骄满志得不可一世的北洋军一记狠狠的耳光，同样也让原本摄服于北洋军威的各省地方势力跌破了眼镜，天下人这才发觉北洋武力也不过是如此。
而原本假借北洋军势在本省掀起白色恐怖的地方士绅，在听闻革命委员会在山东实施的报复政策之后，顿时也收敛了不少。这些地方劣绅之前敢于跳将出来清洗本地的革命党人，无非就是看到国民党失势，连几个头领都被北京通缉了，他们此时对这些革命党人下手，既可以讨好北京，又能够重新夺回地方上的权力，这才如此上蹿下跳。
但是革命委员会在山东的举动告诉了这些反动劣绅，北洋军还没有彻底镇压全国的力量，而革命委员会和国民党不同，前者是敢于清洗乡里的，完全不会顾忌地方上是否会糜烂一片。特别是现在，那些被反动劣绅教育过的革命党人也已经醒悟了过来，不再对这些乡里乡亲讲什么乡党情谊，而是怒气冲冲的带着革命军回家乡报仇来了。
这些反动劣绅虽然顽固守旧，但大多数人还是识时务的，当革命军拿起屠刀的时候，他们立刻就老实了起来。既然北京政府不能把革命委员会怎么样，那么他们自然就退回到了中立的立场，继续观看北京政府和革命委员会的斗争结果了。
9月28日，袁世凯率北京大小官员到孔庙祭孔，并发表了如下讲话：“中国数千年来立国根本在于道德，凡国家政治、家庭伦纪、社会风俗，无一非先圣学说发皇流衍。是以国有治乱，运有隆污，惟此孔子之道，亘古常新，与天无极。”
9月29日，吴川在《共和日报》上亲自发表了打倒孔家店一文，文中把孔教比作了吃人的礼教。虽然这一文章在孔教会甚嚣尘上的关内遭到了蜂拥一般的攻击，但是四川《醒群报》主笔吴虞却发文表示支持。
吴虞以《家族制度为专制主义之根据论》一文为开端，连续发表了六篇文章批驳尊孔思想。最终总结出这样一个观点：“儒教不革命，儒学不转轮，吾国遂无新思想、新学说，何以造新国民？”一句话，中国要新，国民要新，思想要新，就要彻底打倒孔教思想。
吴虞的文章彻底引发了各省反孔教势力的批孔思潮，这其中不仅有思想激进的青年学生和留学生们，还有各种反对把孔教定为国家的宗教人士。孔教会把孔子政治化的后果就是，凡是主张共和政治的人士就不得不首先打倒孔子这尊圣人，然后才能打倒躲在孔子背后的封建礼教。
此前一直为关内知识分子所诟病的革命委员会的反封建思想理论和白话文运动，此时倒是因为袁世凯的尊孔行动，转而为知识分子中的温和派所接受了。
就好比陈独秀的断言
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